微生物菌肥是活体肥料，主要是依赖大量有益微生物发挥生命活力，在其旺盛的繁殖和新陈代谢情况下，不断进行物质转化而展现其效益。施用生物菌肥方法要比施用化学肥料和有机质肥料的要求严格，微生物肥料在施用上要注意一下几个事项：

一定要保证微生物肥在有效期内施用，以确保微生物的纯度、菌数和活性。

微生物肥料是可以单独施入土壤中，但是和有机质肥料混合后再使用的效果会更好，因为有机质肥料可提供保水和微生物的营养成分，有助于有益微生物在土壤中繁殖。

不要和化学肥料混合使用，施用微生物肥料后也不要在短时间内施用化学肥料。一则避免肥料盐溶解时盐度太高杀伤有益微生物，一则避免有益微生物因为肥料盐中已提供其所需的营养元素而不再发挥其固氮、解磷、解钾等功能。

微生物肥料要施用到作物根圈附近，避免离开根系太远而无法帮助根系吸收到营养元素。所以微生物肥要主要用作基肥使用。

开袋后最好立即用完，如有未用完的微生物菌肥要妥善保存并且一两日内尽快用完。一则是防止杂菌繁殖伤害微生物菌肥的有益菌，使其失效；再则是防止微生物菌肥中的微生物到处传播，虽然微生物菌肥所使用的菌种都要是安全的菌种，但是如果未确实把关，而把大量的微生物，不管是有益菌或有害菌，释放到外界对保持环境生态平衡总是负面的。

微生物菌肥要储存在阴凉的地方，避免日光照射、避免高温、避免潮湿、避免堆叠压实不透气、避免沾到酸性或碱性物质、禁忌相当多。

总之，在应用微生物肥料之前，要先检验土壤的环境条件，若有不足时应做好土壤改良，施用后要先做好土壤管理，以确保施进去的有益菌能旺盛的繁殖。