通俗地讲就是用来生产食用菌的“种子”。它与高等植物的种子不同，从广义上讲，菌种是指以保藏、试验、栽培和其他用途为目的，具有繁衍能力，遗传特性相对稳定的孢子、组织或菌丝体及其营养性或非营养性的载体。菌种是重要的一种生物资源。据其使用的目的不同，主要可分为保藏用菌种、试验用菌种和生产用菌种。从食用菌栽培角度而言，即从狭义上说，就是指生产用菌种，即指以适宜的营养培养基为载体进行纯培养的菌丝体，也就是培养基质和菌丝的联合体。一般是包装在一定的容器里，如试管、玻璃瓶、塑料袋等容器。