该词首次出自于明朝嘉靖年间编写的《建宁府志》。

根据府志记载，万木林几百年前叫大富山，地势不高，风水很好。元代时，大富山的主人是杨达卿。有一年闹灾荒，杨达卿想把家中的存粮拿出来救济灾民，但他不想因此留名。于是他对灾民讲，谁在我的山上栽一棵树，我就给谁一斗稻谷。山上的树，就这样一棵棵栽了起来。府志上说：“随山之高下曲直，皆有木矣。逾数年，木长茂，望之蔚然成林，既之森然成列。”又过几年，木已成材。杨达卿晚年常告诫子孙，大富山上的树木不能出卖，只有几种情况才可以动用，盖庙宇、学校、做船、搭桥，给老人盖房，贫苦人家没有房舍的、没有棺木的，也给予帮助。乡亲们很称赞他这种精神，给这座山又起了一个名字，叫“万木山”，明朝建宁知府阮德柔，得知杨达卿“涉书史，明古今大义，乐善好施”，特意请他给自己的子弟做老师。后来，阮德柔又见杨达卿很有才干，多次要他做官，杨达卿坚决不肯。阮德柔还专门画了一幅万木林图，把杨达卿为民植树的功绩画了下来。杨达卿死后，他的孙子杨荣在明朝为官，任工部尚书。后来，杨荣的一位朋友写了一篇《万木山记》把杨达卿的事迹用文字记录下来，府志中保存了这段文字。

经过600多年的自然演变，现存万木林已成为典型的亚热带森林。山中古木参天，巨藤盘错，沉水樟、闽鄂山茶等珍稀树种，已为国内所罕见。近年来经科学调查，林内拥有植物1234种，几乎占福建省植物种类的一半，故有“亚热带植物博物馆”之美称。新建的万木林科学研究所和科研大楼已收存各种植物标本2万多份，昆虫标本4000多份，鸟兽标本160多种、500多份，蛇类标本及野生菰类标本100多份。

万木林现列为武夷山旅游区参观景点之一。