肥料登记证不可以授权使用。

根据《肥料登记管理办法》相关规定，凡经工商注册，具有独立法人资格的肥料生产者均可提出肥料登记申请；肥料登记证或登记证号不得转让。如通过设立分公司进行肥料生产加工，且分公司不具有法人资格的，可由总公司和分公司***同申请肥料登记，获得批准后在肥料登记证上同时标注总公司及分公司名称。