2015年12月，源于小米用户对小米手机偷跑流量的投诉，多位用户投诉小米手机中的小米视频、小米浏览器等应用偷跑流量，有用户一天甚至被偷跑了多个G的流量。小米官方认定的原因有两个：

1)用户个人行为导致;2)用户刷了雷电OS。

雷电OS不甘示弱，很快发布了一个《关于小米手机偷跑流量的声明》，称雷电OS不会导致小米手机里的小米视频等应用偷跑流量。相反，雷电OS通过绿色版应用等功能，可以让小米手机用户真正成为小米手机的主人，自主控制小米手机里各项应用的自启动、后台偷运行、乱推送消息等，从而有效禁止小米应用在后台偷跑流量。声明中还公布了一份雷电OS工程师的测试视频，对比了多台未安装雷电OS的小米手机和已安装雷电OS的小米手机，证实偷跑流量的原因是小米手机中预装的小米视频、小米浏览器的等应用，与雷电OS无关。 2016年1月8日，在雷电OS发布这份声明后不久，小米采取了行动，MIUI再次发布声明，称雷电OS并非一个OS，而是一个软件的集合，破坏了小米手机的生态。小米还对推广帮助雷电OS的360采取了连带性惩罚，将360公司所有软件从小米应用商店下架。

6个小时后，“雷电OS”再次就小米公司愤怒指责做出了非愤怒回应，称用户选择雷电OS这样的第三方系统刷机，取代原手机操作系统，是业内通用规则，小米公司的MIUI过去和现在均如此操作，小米的无端指责是一种典型的双重标准。称年轻的雷电OS很像小米曾经的自己，“雷电OS”也为发烧而生。

2016年1月10日，小米再次引用知乎网友内容，质疑雷电OS篡改签名、文件包含有qihoo字样，而雷电马上举证一一进行了驳斥，称小米就是依靠MIUI刷机起家，当其他手机刷为MIUI之后，修改开机画面、重刷recovery、修改原系统签名、禁用原系统升级，这些都是MIUI的标准动作。与MIUI刷机相比，雷电OS采用创新技术为用户保留所有的应用、数据和使用习惯，同时，用户还可以选择把MIUI不必要的预装应用进行禁用清理，一般可以禁用掉30-60款不必要的预装应用，让手机变得更轻快省电。