选择A公司。

理由如下：

在招聘条件相同的情况下，A公司的薪酬要B公司，即：

A公司每年年薪为5万元，每年加工龄工资1000元，合计为51000元。

而B公司半年年薪为2.5万元，每半年加工龄工资250元，全年为500元，合计为50500元。

二者比较，A公司每年要比B公司多收入500元。