现任院长是蔡之华教授。

前任院长康立山教授是我国并行计算领域中最具影响力的专家，曾担任过武汉大学软件工程研究所所长和软件工程国家重点实验室主任。他是武汉大学计算机学院教授、计算机软件理论博士生导师、中国计算机学会理论计算机科学分会副主任、武汉大学软件工程国家重点实验室学术委员会副主任、国防科工委军用***性软件组成员、国家高性能计算中心（武汉）学术委员会等国家重点研究单位的学术领导职务。他主持承担了国家自然科学基金项目15项（其中二项为重点项目），国家一般基金项目24项。获国家自然科学四等奖1项，国家教育部一等奖3项，湖北省二等奖2项，国家科委八六三计划先进工作者二等奖一次，其他奖项若干。他本人还担任了包括Parallel Algorithms and Applications(英国)在内的9种国际国内著名计算机领域杂志的编委。他先后18次参加和主持重要的国际学术会议，并多次做特邀报告，出版有影响的专著7部、发表科技论文200多篇，其中40多篇论文被SCI、EI检索。在人才培养方面，先后***培养博士生44人（其中毕业生35名），硕士生50人（已毕业37人）。他指导的博士生潘正君教授在演化计算方面的最新研究成果发表在《Science》杂志上。