黄芩具有清热利湿、泻火解黄、止血、....安胎、降压的作用。黄芩的主要活性成分黄连素和黄芩甙能清除羟基自由基和烷烃自由基，抑制线粒体脂质过氧化和卵磷脂代谢，.....抵抗过氧化氢引起的细胞损伤.......，对心肌缺血再灌注有保护作用。抗癌作用黄芩素能抑制黄曲霉毒素B1和硝基胍对沙门氏菌的诱变作用，降低黄曲霉毒素诱发染色体畸变的频率，增强白介素和肿瘤坏死因子的抗癌作用。

抗病毒和抗菌作用黄芩苷在低的细胞毒性浓度下能抑制T细胞和HIV，当HIV-1第一次附着在细胞上时，能阻止它的复制。已经证明黄芩苷的主要作用是干扰HIV-1对靶细胞的攻击，所以有望作为一种新的抗艾滋病药物来开发。黄芩苷对皮肤和指甲的致病真菌也有抑制作用。对血管的作低浓度的黄芩素能使离体肠系膜动脉收缩，而高浓度则能使血管平滑肌松弛。

黄芩对水渗透的***同相容性不耐湿热，可与滑石粉、白蔻仁、茯苓等配合使用。湿热腹痛，常与白芍、葛根、甘草同用。对于湿热引起的黄疸，可与陈棉、栀子、淡竹叶等一起使用。治疗发热、高热，常与黄连、白头翁等相配。治肺热咳嗽，可与知母、桑白皮同用 治疗血热，可用生地、黄柏、板蓝根叶等。

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