全自动制丸机的局限性如下：对药物性质的限制，对丸剂规格的限制，对设备维护的要求。

1、对药物性质的限制：全自动制丸机适用于一些易于压制的药物，如粉末状、颗粒状等，但对于一些难以压制的药物，如粘稠的药物、颗粒不均匀的药物等，就难以达到满意的效果。

2、对丸剂规格的限制：虽然全自动制丸机可以制作多种规格的丸剂，但对于一些特殊规格的丸剂，如异型丸、长丸等，就难以实现。

3、对设备维护的要求：全自动制丸机是一种机械设备，需要进行定期的保养和维护，如果管理不当或者维护不到位，就可能导致设备损坏，影响生产效率。