巴氏杀菌采用较低的杀菌温度，高温杀菌采用135℃以上灭菌数秒。

具体如下；

巴氏灭菌法(pasteurization)，亦称低温消毒法，冷杀菌法，是一种利用较低的温度既可杀死病菌又能保持物品中营养物质风味不变的消毒法。采用较低温度(一般在60～82℃)，在规定的时间内，对食品进行加热处理，达到杀死微生物营养体的目的，是一种既能达到消毒目的又不损害食品品质的方法。

高温杀菌一般采用采用135℃以上灭菌数秒。

营养成分上，高温杀菌由于温度较高，营养物质破坏也会比巴氏杀菌多，但破坏的主要是维生素等微量营养物质，其他蛋白质、脂肪等无太大差异。巴氏杀菌营养破坏较少，但由于不能杀死所有细菌，所以保质期也较短。