基质消毒灭菌包括对培养基、培养料中的微生物进行杀灭，是食用菌纯培养的必要条件，一般采用热力灭菌。热力灭菌是一种物理方法，其原理是利用高温使菌体蛋白变性，从而使酶失去活性，达到灭菌的目的。

热力灭菌有多种方式，分为湿热灭菌和干热灭菌。

湿热灭菌主要包括高压蒸汽灭菌、常压蒸汽灭菌、沸水灭菌、间歇灭菌等多种方法。干热灭菌主要包括火焰灭菌和干热高温灭菌。灭菌时，应根据被灭菌物料达到的无菌程度、物料的理化性质和生产上的设备状况来选择相应的灭菌方法。一般同样温度下，湿热灭菌比干热灭菌效果好，因为蒸汽的穿透力强，原生质在含水量较高的情况下更容易变性凝固。如蛋白质含水量为0时，经160分钟～170分钟才能凝固；含水量在18%时，经80分钟～90分钟就可凝固；当含水量在50%时，只要56分钟变可凝固。由此可见，在湿热处理下，杀灭微生物的时间要比干热灭菌短得多。