增值税防伪税控系统由四个子系统构成：税务发行子系统、企业发行子系统、防伪开票子系统和认证报税子系统（认证和报税为二套软件，但必须装在同一台计算机中）。税务发行子系统的主要功能是对下级税务发行子系统、下级企业发行子系统及下级认证报税子系统进行发行；企业发行子系统的功能是对企业开票子系统进行初始发行和向企业发售专用发票；认证报税子系统的主要功能是接收企业的抄税数据并对发票的真伪进行辨别，以上三个子系统是分别用于各级税务机关。防伪开票子系统则是专门用于企业开具专用发票，防伪税控开票子系统必须通过其主管防伪税控税务机关对其所持有的“税控IC卡和金税卡”进行发行后才能使用。