河海大学常州校区和南京校区的区别如下：

1、地理位置不同，南京校区位于江苏省南京市江宁区佛城西路8号，常州校区位于江苏省常州市晋陵北路200号。

2、建校时间不同，南京校区始建于1915年，常州校区始建于1986年。

3、院系设置不同，南京校区主要有水文水资源学院、水利水电学院、港口海岸与近海工程学院、土木与交通学院、环境学院等专业，常州校区主要有机电工程学院、物联网工程学院、企业管理学院和基础学部等专业。

4、学术氛围不同，南京校区以水利水电为主要特色，更加注重理论研究和科研成果，在科研方面具有较强的实力，常州校区学术氛围以工程技术为主导，注重实践能力培养，有着浓厚的工程师文化氛围。

5、校园面积不同，南京校区占地面积较大，拥有2580亩的校园，而常州校区占地面积较小，只有436亩。