南京南站是南京地铁1号线（运营）、南京地铁3号线（运营）、南京地铁S1号线（运营）、南京地铁S3号线（在建）和南京地铁6号线（规划）的换乘车站，有4座站台，分为两组，两组站台之间有换乘通道相连；1号线和3号线站台为同台换乘的双岛式站台，位于高铁站南京南站地下；S1号线和S3号线站台为的一岛两侧式站台，位于高铁站南京南站北广场地下，***设12个出入口，地铁6号线站台情况未知。南京南站地铁1号线的站厅的“爱墙”墙面上雕刻了四千多条征集而来的“爱的箴言”并组成了六个图案，分别是两手相握，两手相牵，两手组成爱心状，六块凹凸不平的大理石上还有六个艺术字体，从左到右分别是：仁爱、博爱、兼爱。此外，整个站厅层***悬挂了22块内容各异的圆形紫铜浮雕，内容包括“金陵十二景”等。