米歇尔福柯1926年出生于法国普瓦捷的一个农村家庭。他的父亲保罗是一名医生。他的原名是保罗米歇尔福柯，后来他放弃了保罗的名字，这可能与他和父亲之间相当紧张的关系有关。起初，他的成绩在平均水平以上，但当他进入一所耶稣会士开办的中学时，他的成绩非常优秀。在此期间，普瓦捷属于维希法国，后来被德国占领。战后，福柯进入了法国最负盛名的巴黎师范学院，这是法国学术生涯的传统门户。
福柯在巴黎师范学院的时光对他来说非常重要。当时法国对黑格尔、胡塞尔、海德格尔、尼采等德国哲学家越来越感兴趣。福柯的教授之一让希普雷特是一位著名的翻译家和德国哲学专家。当时莫里斯梅洛-庞蒂也在巴黎师范学院任教，他的存在主义和现象学课程在一些学生中很受欢迎，包括福柯。在巴黎师范学院学习的后期，他与法国最著名的哲学家和科学史家乔治坎吉勒姆建立了关系。
福柯在巴黎师范学院的私生活并不愉快。他患有严重的抑郁症，甚至试图自杀。他正在接受心理医生的治疗。虽然，或者正因为如此，他对心理学很感兴趣。因此，他不仅接受了哲学教育，还接受了心理学教育。他甚至参加了这一学科的临床实践，在那里他接触了路德维希宾斯万格和范格尔等思想家。
最后，福柯也受到马克思主义的影响，比如巴黎师范学院的其他许多学生。1950年至1953年，他是法国***产党党员。他是由他的老师阿尔都塞介绍的。像许多其他人一样，由于斯大林统治下的苏联，他退出了***产党。与许多其他人不同，他从未参加过***产党的活动。
福柯在1950年通过了毕业考试，他在巴黎师范学院教了一段时间书，但是他对此不感兴趣，所以他很快离开了法国。他的一位老师和朋友乔治杜梅兹尔为他在瑞典的乌普萨拉大学找到了一份代表法国文化的工作。1954年至1970年，他在乌普萨拉大学、波兰华沙和德国汉堡大学担任文化代表。之后，他去了克莱蒙费朗第一大学教哲学，在那里他遇到了丹尼尔迪弗特。只要他在法国，他就一直与丹尼尔迪特尔保持非一夫一妻制的关系。
早在巴黎师范学院时期，福柯就对心理学和精神病学表现出极大的兴趣。碰巧他父母的世交杰奎琳威尔道是一位心理学家，而杰奎琳的丈夫乔治威尔道是法国精神分析学家雅克拉康的学生。因此，在威尔道夫妇的影响下，福柯对心理学和精神分析进行了系统而深入的研究，并与杰奎琳一起翻译了瑞士精神病学家范格尔的书《梦与存在》。该书完成后，福柯应杰奎琳的要求为法文版正文作序，并在1953年复活节前草草写了一篇比正文还长的序言。在这篇长文中，他日后辉煌的写作风格已经初露端倪。1954年，这本序言比正文还长的罕见译著由德克莱斯德布鲁沃出版社出版，收入《人类学著作和研究》系列。同年，福柯出版了他的第一本专著《精神病与人格》，收入《哲学入门》系列，由法国大学出版社出版。福柯后来否认这本书不成熟，所以1962年再版时几乎面目全非。
1955年8月，在著名神话学家乔治杜梅兹尔的极力推荐下，福柯被瑞典乌普萨拉大学聘为法语教师。在瑞典期间，福柯还担任了法国外交部设立的“法国馆”的馆长。因此，他花了很多时间组织教学之外的各种文化交流活动。在瑞典的三年里，福柯开始写他的博士论文。得益于乌普萨拉大学图书馆大量收藏的16世纪的医学历史档案、信件和各种珍本书籍，也得益于乔治杜梅兹尔的不断监督和帮助，《疯癫与非理智——古典时期的疯癫史》在福柯离开瑞典时基本完成。
1958年，福柯因觉得教学和工作负担太重，于6月辞职回到巴黎。两个月后，在乔治杜梅兹尔的帮助下，也因为福柯在瑞典期间出色的组织能力，他被法国外交部任命为华沙大学法国文化中心主任。这年10月，福柯到达波兰，但他没有在那里呆多久。原因很戏剧性：他被波兰情报机构骗了。傅很早以前就是同性恋了，也不隐瞒。就个人生活而言，这个男人显然配得上“浪漫”的名声。然而，在东西方冷战如火如荼的20世纪50年代，双方都在竭力刺探对方。就在1959年，法国驻波兰大使馆文化参赞请假。大使本来已经打算提拔福柯，于是请他担任参赞一职，同时写信要求正式任命。于是，波兰情报机构乘虚而入，浪漫的年轻哲学家落入陷阱。
离开波兰后，福柯继续他的海外之旅，这一次以汉堡为目的地，仍然担任法国文化中心主任。1960年2月，福柯终于在德国完成了他的博士论文。这本书的厚度和深度同样惊人：整本书，包括附录和参考书目，长达943页。考察了17世纪以来疯癫和精神病概念的演变，详细梳理了疯癫形象在造型艺术、文学和哲学中的形成和转化过程及其对现代人的意义。按照惯例，国家博士学位申请者要提交一篇主论文和一篇副论文，于是福柯决定翻译康德的《实用人类学》，用一篇引言作为副论文。虽然这一介绍从未发表过，但福柯研究者发现，他后来在《词与物》和《知识考古学》中成熟和体现的一些重要概念和思想，其实已经在这篇论文中形成了。
在福柯的邀请下，他在亨利四世中学时的前哲学老师、时任巴黎师范学院院长的让希普雷特欣然同意担任他的二级论文的“研究导师”，并推荐著名科学史家、时任巴黎大学哲学系系主任的乔治坎吉尔赫姆为他的主要论文导师。后者称赞《疯癫史》，并为他写下如下评语：“鉴于福柯自文艺复兴以来一直关注精神病对现代人在造型艺术、文学和哲学中所体现的多重用途，人们将会看到这项研究的价值；鉴于他时而理顺时而搞乱阿里阿德尼的线程组，他的论文综合了分析和综合。虽然读起来不那么容易，但它是一部明智的作品.因此，我深信福柯研究的重要性是毋庸置疑的。”1961年5月20日，福柯顺利通过答辩，获得文学博士学位。这篇论文还被评为当年哲学类最佳论文，并授予作者一枚铜奖。
在福柯通过博士论文答辩之前，克莱蒙费朗大学哲学系新任系主任维耶曼看了《疯癫史》的手稿后，给还在汉堡的作者发了一封信，希望聘请他当教授。福柯欣然接受，并于1960年10月成为一名代理教授。1962年5月1日，克莱蒙费朗大学正式晋升福柯为哲学系正教授。整个20世纪60年代，福柯的知名度随着其著作和评论文章的出版而急剧上升：1963年《雷蒙鲁塞尔》和《临床医学的诞生》，1964年《尼采、弗洛伊德、马克思》，1966年《词与物》，引起了巨大的反响。
1968年5月事件促使法国教育行政部门反思旧大学制度的缺陷，并开始筹划改革方法。作为一项实验，1968年10月，新任教育部长埃德加富尔决定在巴黎郊区的万森林建一所新大学。它将有充分的自由试验各种有关大学教育制度改革的新思想。福柯被任命为新学校哲学系的系主任。然而，万森很快陷入了无休止的学生罢课，在街头与警察对峙，甚至发生了激烈的冲突。福柯的哲学系也在极左的叫嚣中成为动乱的根源。在万森的两年，是让福柯感到疲惫的两年。
1970年12月2日对福柯来说是一个值得纪念的日子。这一天，他走上法兰西学院的讲台，正式成为法兰西学院思想体系史教授。进入法兰西学院意味着达到学术地位的巅峰：它是法国大学机构的“圣殿之殿”。
在法兰西学院的就职演说中，福柯从不同角度赞扬了三个影响他思想的人：让希普雷特、乔治坎吉尔赫姆和乔治杜梅兹尔。福柯对他们表示了真诚的敬意。
福柯在20世纪70年代积极投身于各种社会运动。他利用自己的名声支持旨在改善囚犯人权的运动，并亲自发起“监狱情报小组”，收集和整理监狱系统日常运作的详细过程。他签署了维护移民和难民权益的请愿书；和萨特一起参加支持监狱暴动者的抗议游行；冒着风险去西班牙抗议独裁者佛朗哥对政治犯的死刑判决。这一切促使他深入思考权力的深层结构，以及监禁和惩罚过程的运作。这些思想构成了他在20世纪70年代最重要的一本书的全部主题：——《规训与惩罚》。
福柯的最后一本书《性史》，第一卷《求知意志》，出版于1976年12月。这部作品的目的是探讨历史上性观念的变化和发展。福柯对这部性的观念史寄予厚望，并以完美的姿态对其进行了雕琢。提纲和草稿改了一遍又一遍，以至于最后的文本与原计划大相径庭。这是另一部伟大的作品。按照福柯最后的安排，全书分为四卷，分别为《求知意志》、《快感的享用》、《自我的呵护》和《肉欲的告赎》。可惜作者永远也看不全。1984年6月25日，福柯因艾滋病在巴黎萨勒贝蒂尔医院去世，享年58岁。福柯后来在美国呆了很长时间，先是在布法罗大学，然后在加州大学伯克利分校。傅在三藩市的同性恋社区，他在社区的活动使他感染了艾滋病，因为当时人们并不知道这种疾病。福柯于1984年在巴黎去世。起初，他的一些朋友和家人否认他死于艾滋病。