3个。克孜勒苏柯尔克孜自治州（简称克州）下辖的县级行政单位中，包括阿克陶县、乌恰县和阿合奇县三个县。

阿克陶县：位于新疆维吾尔自治区西南部，帕米尔高原东部，塔里木盆地的西部边缘。该县因县城选定在原英吉沙县六区阿克托巴什而得名，后正式定名为阿克陶。

乌恰县：位于新疆维吾尔自治区西南部，克孜勒苏柯尔克孜自治州西部。乌恰为柯尔克孜语，意为大山谷分岔口，因克孜勒苏河谷在该地分岔为三道沟而得名。

阿合奇县：属于新疆克孜勒苏柯尔克孜自治州下辖县，位于西部天山南脉腹地，地处高寒山区，县境海拔在1730-5958米之间。全境均属山间河谷地带，90%为山地，有九山半水半分田之称。