孵化后丰年虾的收集可使用浮游生物网来进行。

若无法取得浮游生物网时，可购买印用的布，即可用来收集丰年虾。此外由於未孵化的丰年虾卵及孵化后剩下的的空卵壳，对鱼苗而言都是无法消化的，所以需要将已孵出之无节幼虫与未孵化之卵及卵壳加以分离；

当打气暂停一段时间后，由於比重上的差异，可观察到整瓶水可分成三层，由上而下分别为已孵出后剩下的空壳，像红色云雾状的无节幼虫群及未孵出或已死亡的丰年虾卵。因此我们可利用打气管以虹吸的原理将无节幼虫吸出至收集网中收集，如此即可获得极纯净的丰年虾，且由於无节幼虫有趋光性(有向光源聚集的本能)，因此在应用上可利用小灯泡放在孵化器的一侧来吸引无节幼虫聚集，以达较佳的分离效果。

静置不打气的时间越长分离效果越佳，但静置过久不打气会导致刚孵化的丰年虾因缺氧死亡，一般而言大约在半小时到一小时之间为宜，但会随丰年虾卵孵化的程度不同而有变化，各位读者最好自行观察后再决定静置的时间。