笔筒树原生长于中生代侏罗纪，为当时恐龙的主要食粮；第四纪冰川期基本灭绝。仅在中国南部和东南亚国家部分地区有少量植株残存。在波兰、印度、朝鲜和中国内蒙古的侏罗纪地层中发现有其化石。

1982年在中国厦门大学自来水池附近的山沟发现一株，这是中国大陆对笔筒树的首次记录。

2009年福建省福清市三山镇和沙埔镇也相继发现该物种。

2010年11月，福建师大生命科学学院教授刘剑秋与研究生在霞浦县溪南镇长兴村后山的山坳中新发现了11株笔筒树，这也是大陆发现最大的笔筒树种群。

2010年在平潭发现两株笔筒树，但是由于保护不力，仅存1株笔筒树。由于生境不隐蔽，非常容易被人发现，遭到破坏，树下 及周围均不见幼苗幼株，如不采取有效措施，大陆分布将会消失。

2015年浙江省温州市苍南县发现两株笔筒树。