P99AS——单/双动型，这是基本型。

P99DAO——纯双动型，是为德国警察试用而提供的型号，在2002年推出，不幸的是并没有它进一步生产的消息。

P99QA——QA型，在2000年推出，采用行程较短、扣力较轻的半双动扳机，并有手动待击击针。

P99C——紧凑型，在2004年推出，尺寸较小、重量较轻，容弹量也减少了。目前紧凑型只有9×19mm口径，但都生产了AS、DAO和QA三种型号。

P990——其实就是原来的P99DAO，改了名字后重新推出市场。

P99TA——TA是战术型的缩写，在2004年推出，明显的特征是底把前方的导轨座形状有所改变，能安装更多市面上的通用战术附件。

P22——名称不同，但其实是P99的.22LR口径型。P99不像其他手枪那样提供.22LR口径的改装配件，如果想要.22口径的练习枪，只能买一支新枪，这也是P99受到用户诟病的一个缺点，诸如伯莱塔等著名手枪都提供有.22口径的改装配件，让用户可以成箱成箱地消耗便宜的.22弹作基础练习。

另外，瓦尔特公司还设计了一系列的限量生产型，如MI-6型，也称为James Bond型（即“詹姆斯·邦德”），La Chasse型（狩猎用途）和2000年型（Millennium或“千禧年”）。

还有一种专门针对美国相关法规的美国版P99，该枪的底把在德国生产，套筒在美国S&W公司生产，并由S&W公司组装和销售，这种美国型P99被重新命名为SW99，在外观上可以通过板机护圈和套筒设计进行识别。