截至2013年，徐州工程学院拥有1个国家高新技术研发机构，1个省级工业设计中心，2个省级重点建设实验室，2个省级工程实验室，7个省级工程技术研究中心，1个省级校外人文社科研究基地，9个市级重点实验室，16个市级工程技术研究中心，21个校内科研机构。
国家高新技术研发机构（联合***建）
生物芯片北京国家工程研究中心食品安全工程实验室分中心
江苏省工业设计中心
徐州市工程车辆外观及功能设计研究中心 徐州工程学院省级重点实验室序号 实验室名称 实验室级别 所属学科 隶属学院 1 大型工程装备检测与控制 省重点建设实验室 机械工程 机电工程学院 2 食品资源开发与质量安全 省重点建设实验室 食品科学与工程 食品（生物）工程学院 徐州工程学院省级工程实验室实验室名称 实验室级别 所属学科 隶属学院 江苏省食品安全生物芯片检测技术工程实验室 省级工程实验室 食品科学与工程 食品（生物）工程学院 徐州工程学院省级工程技术研究中心序号 名称 所属单位 ***建单位 1 江苏省食品生物加工工程技术研究中心 食品（生物）工程学院 徐州市金地杰农业发展有限公司、徐州绿健乳业有限责任公司 2 江苏省农药中间体光气化产品工程技术研究中心 化学与化工学院 江苏蓝丰生物化工股份有限公司 3 江苏省杀菌剂工程技术研究中心 化学与化工学院 利民化工有限责任公司 4 江苏省还原染料及中间体工程技术研究中心 化学与化工学院 徐州开达精细化工有限公司 5 江苏省车载多媒体工程技术研究中心 数学与物理科学学院 徐州格利尔数码科技有限公司 6 江苏省秸秆生物质成型设备工程技术研究中心 机电工程学院 徐州万国生物能源科技有限公司 7 江苏省采煤机电缆工程技术研究中心 机电工程学院 江苏永达采煤机电缆制造有限公司 江苏高校人文社会科学校外研究基地名称 负责人 合作单位 淮海地区非物质文化遗产研究中心 张仲谋 徐州文化广电新闻出版局 徐州工程学院市级重点实验室序号 实验室名称 实验室级别 所属学科 隶属学院 1 徐州市大型工程装备检测与控制重点实验室 市级重点实验室 机械工程 机电工程学院 2 徐州市农药绿色技术重点实验室 市级重点实验室 植物保护 化学化工学院 3 徐州市虚拟现实与多维信息处理 市级重点实验室 信息与通信工程 信电学院 4 徐州市农业资源质量监测及产地污染修复重点实验室 市级重点实验室 环境科学与工程 环境工程学院 5 徐州市新型电池材料重点实验室 市级重点实验室 材料科学与工程 数理学院 6 徐州市工程机械用材成形技术重点实验室 市级重点实验室 材料科学与工程 机电工程学院 7 徐州市结构安全与工程防灾重点实验室 市级重点实验室 土木工程 土木工程学院 8 徐州市物流工程与技术重点实验室 市级重点实验室 管理科学与工程 管理学院 9 徐州市光电工程重点实验室 市级重点实验室 物理学 数理学院 徐州工程学院市级工程技术研究中心序号 实验室名称 实验室级别 所属学科 隶属学院 1 徐州市生物质燃料工程技术研究中心 市级 化学工程与技术 化学化工学院 2 徐州市珍稀植物快速繁育工程技术研究中心 市级 环境科学与工程 环境工程学院 3 徐州市工程装备检测及材料工程技术研究中心 市级 机械工程 机电工程学院 4 徐州市建筑节能工程技术研究中心 市级 土木工程 土木工程学院 5 徐州市生物食品加工工程技术研究中心 市级 食品科学与工程 食品（生物）工程学院 6 徐州市物流技术与管理工程技术研究中心 市级 管理科学与工程 管理学院 7 徐州市工程结构诊断改造与防灾工程技术研究中心 市级 土木工程 土木工程学院 8 徐州市古建筑工程技术研究中心 市级 土木工程 土木工程学院 9 徐州市工程机械虚拟仿真工程技术研究中心 市级 计算机科学与技术 信电工程学院 10 徐州市太阳能驱动LED照明系统工程技术研究中心 市级 物理学 数理学院 11 徐州市薄膜太阳能电池工程技术研究中心 市级 物理学 数理学院 12 徐州环保涂层新材料工程技术研究中心 市级 化学工程与技术 化学化工学院 13 徐州市水环境生态修复工业工程技术研究中心 市级 环境科学与工程 环境工程学院 14 徐州市机器视觉应用工程技术研究中心 市级 信息与通信工程 信电工程学院 15 徐州市工业设计工程技术研究中心 市级 艺术学 机电工程学院 16 徐州市有色金属新材料加工工程技术研究中心 市级 材料科学与工程 机电工程学院 徐州工程学院校内科研机构序号 机构名称 负责人 依托单位 1 徐州工程学院物流工程与技术研究中心 张中强 管理学院 2 徐州工程学院中小企业发展研究中心 陈建明 管理学院 3 徐州工程学院企业人力资源管理与开发研究所 黄忠东 管理学院 4 徐州工程学院外国语言文化研究所 韩海燕 外国语学院 5 徐州工程学院徐州体育产业文化研究所 张占平 体育学院 6 徐州工程学院古代戏曲小说研究所 齐慧源 人文学院 7 徐州工程学院徐州地方文化研究所 薛以伟 人文学院 8 徐州工程学院区域经济研究所 邵川 经济学院 9 徐州工程学院苏北农村经济发展研究所 孙勤 经济学院 10 徐州工程学院区域金融研究所 董金玲 经济学院 11 徐州工程学院金属材料制备与成形技术研究所 刘忆 机电工程学院 12 徐州工程学院金属压力加工研究所 于庆波 机电工程学院 13 徐州工程学院现代装备制造研究所 张佐营 机电工程学院 14 徐州工程学院现代食品加工技术研究所 李超 食品（生物）工程学院 15 徐州工程学院智能系统与控制技术研究所 刘红玲 信电工程学院 16 徐州工程学院控制工程与信息技术应用研究所 邵晓根 信电工程学院 17 徐州工程学院受损环境生态修复研究所 梁峙 环境工程学院 18 徐州工程学院珍稀植物繁育研究所 徐德兰 环境工程学院 19 徐州工程学院应用计算化学研究中心 陈艳 化学化工学院 20 徐州工程学院新材料与技术研究所 董黎明 化学化工学院 21 徐州工程学院材料表面科学研究所 种法力 数理学院 2006年以来，徐州工程学院获得省部级及以上科研项目70项、市厅级科研项目230项，其中国家社会科学基金项目4项，国家自然科学基金项目7项，国家“十一五”科技支撑计划项目1项，教育部规划项目11项，获得省部级社科成果奖20项、科技成果奖10项。成功举办了“全国农业环境问题学术研讨会”、“中国·徐州非物质文化遗产高层论坛”、“全国中小企业发展战略研讨会”等一系列高水平学术交流会议；在核心期刊发表论文600余篇，其中，被EI、SCI收录99篇。
2009年至2013年，徐州工程学院承担和完成省部级以上科研项目199项、横向课题381项，科研成果获省部级奖励37项。 国家级科研项目序号项目名称项目负责人项目类别1采动岩体蠕变-渗流耦合动力学行为的实试验和理论基础研究李天珍国家自然科学基金项目2明代词学研究张仲谋国家社科基金项目3基于关键块运动原理的采场动压控制研究李国富国家自然科学基金项目4沛县龙固中三村可再生能源与建筑集成示范工程唐 翔“十一五”国家科技支撑计划项目5地方院校工程管理专业与注册工程师职业资格标准相衔接的人才培养模式的研究与实践殷惠光国家社科基金项目6织构化粗错表面的减摩机理与润滑计算模型研究黄传辉国家自然科学基金项目7地方院校土建类专业创新人才培养模式研究姜 慧国家社科基金项目8基于模型集群分析技术的变量选择与模型评价新方法研究冯长君国家自然科学基金项目9用超临界醇解和分级萃取法研究褐煤的含氧桥键类型和高附加值利用冯长君国家自然科学基金项目10温度与地应力耦合作用下岩石的损伤演化及破裂机理研究张连英国家自然科学基金项目11基于高性能材料CFRP索德超大跨桥梁原型设计与相关问题研究殷惠光国家自然科学基金项目12智能图像火焰检测装置杨根喜国家中小企业创新基金项目13节能防火建筑围护材料与设备制造关键技术李菊丽国家科技部扶持科研院所专项资金项目14蝙蝠蛾拟青霉培养物饲料添加剂的新技术开发与应用陈安徽国家星火计划项目15转糖基b-半乳糖甘酶制备和低聚乳糖双歧因子乳制品的产业化李 勇国家科技富民强县专项行动计划项目16高温作用下煤系岩层介质的蠕变损伤演化规律研究张连英国家自然基金项目17ZnO低维结构的稀土离子掺杂及其高压物性研究潘跃武国家自然基金项目18岩溶含水层四氯化碳污染生物修复机理及调控韩宝平国家自然基金项目19《六十种曲》研究马 衍国家社会科学基金艺术学项目20异质适配层改善钨/铜第一壁部件服役性能及机理研究种法力国家自然基金项目21土壤污染有机磷农药降解菌多样性及其分子生态效应研究李同祥国家自然基金项目22明代词人群体流派研究张仲谋国家社科基金项目23新型高效农村污水再生利用技术示范应用刘 强国家星火计划项目24银杏叶食用菌复合保健饮料的技术集成示范与培训王乃馨国家星火计划项目