生物有机肥指的是将有特定功能微生物与动植物残体，经过无害化处理、腐熟的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。生物有机肥的原料有秸秆、豆粕、菜籽饼、鸡粪、酒糟、醋糟、木薯渣、餐厨垃圾、河道淤泥、下水道淤泥等，其优点是腐熟彻底、产品质量高、二次污染小。

生物有机肥提高土壤孔隙度、通透交换性及植物成活率、增加有益菌和土壤微生物及种群，在作物根系形成的优势有益菌群能抑制有害病原菌繁衍，增强作物抗逆抗病能力降低重茬作物的病情指数，连年施用可大大缓解连作障碍。