직능 기관: 건설처, 계약법부, 마스터플랜부, 투자기획부, 기계처, 인사부, 재무부, 사무실.

관리 센터: 기술 센터, 건설 관리 센터, 운송 관리 센터, 정보 센터, 자금 센터, 자산 센터, 교육 센터.

산하에는 운영자회사가 있다: 상해지하철 제 1 운영유한공사, 상해지하철 제 2 운영유한공사, 상해지하철 제 3 운영유한공사, 상해지하철 제 4 운영유한공사, 상해자기부상교통발전유한공사.

위보회사: 상하이 지하철 위보유한공사 (상하이 지하철 위보유한공사 차량지사, 상하이 지하철 위보유한공사 전력지사, 상하이 지하철 위보유한공사, 상하이 지하철 위보유한공사 공무지사, 상하이 지하철 위보유한공사 물류지사, 상하이 지하철 위보유한공사 물류센터, 상하이 지하철 위보유한공사 측정센터 포함).