증권사 자영업의 내부 통제는 주로 자영업투자 결정, 자금, 계좌, 청산, 거래, 비밀 유지 등의 관리를 강화하는 것으로, 규모 통제 불능, 의사 결정 실수, 월권, 변변 자영, 표외자영, 시장 조작, 내막 거래 등의 위험에 초점을 맞추고 있다.